Sí, la carpeta de descargas viene predeterminada con un PDF que explica para qué sirve esa carpeta. Pero no debería haber ningún archivo "invisible".
Si desea investigar más el asunto, inicie Terminal (Aplicaciones / Utilidades) y escriba los siguientes comandos (o cópielos, péguelos). Si es nuevo en la línea de comandos, es uno por línea y presione ENTRAR después de cada uno:
cd ~/Downloads
ls -la
El primero navegará a tu carpeta de descargas. El segundo mostrará una lista de todos los archivos, ocultos o no.
La siguiente es una impresión de mi carpeta de descargas:
drwx------+ 9 cksum staff 306 6 Sep 08:16 .
drwxr-xr-x+ 25 cksum staff 850 6 Sep 09:11 ..
-rw-r--r--@ 1 cksum staff 21508 6 Sep 08:16 .DS_Store
-rw-r--r-- 1 cksum staff 0 3 Aug 13:25 .localized
-rw-r--r--@ 1 cksum staff 130035 3 Sep 19:37 1297608696_001.jpg
-rw-r--r--@ 1 cksum staff 157957 3 Sep 21:55 Radioactive_Man_Number_One_v_1024.jpg
-rw-r--r--@ 1 cksum staff 87189 5 Sep 19:51 Screen Shot 2011-09-05 at 7.51.40 PM.png
La "d" delante de todas esas otras letras (rw-r - r, etc.) denota un directorio (o una carpeta). Si no hay ninguno, significa que es un archivo (o un documento de algún tipo). Puede ver el tamaño del archivo / carpeta en la columna después de "personal" (este es el grupo al que pertenece también). Y, por último, la fecha en que se creó el archivo y el nombre del archivo.
No hay archivos de sistema relevantes o importantes que estén ubicados en Descargas. Esto es simplemente archivos que el usuario descarga. No puedo decir por qué está allí, pero puedo asegurarle que eliminarlo no causará ningún daño a su sistema.