MDM controla cómo se configura un dispositivo iOS de forma remota y qué aplicaciones se instalan para que se instalen. No tiene nada que ver con los permisos disponibles para una aplicación.
La lectura de fotos almacenadas en dispositivos requiere acceso a las fotos de los usuarios. Un desarrollador de aplicaciones de iOS puede programar el mecanismo para pedirle al usuario el permiso de las fotos y funcionará de la misma manera, independientemente de la forma en que se instale (MDM o App Store).
Hay no permisos / mecanismos disponibles en iOS que pueden permitir que una aplicación de terceros lea el texto y los mensajes de WhatsApp. Técnicamente, cada aplicación cuenta con un espacio aislado y necesita solicitar permiso de iOS para acceder a los datos del usuario y al hardware del dispositivo.