Me encontré con el mismo problema, por suerte no había eliminado los archivos del rollo de la cámara de mi iPhone.
Photos.app reconocerá las Fotos en vivo como duplicadas cuando ya sean importadas por Photo Stream como foto fija.
Lo bueno es que puedes reimportar esas Fotos "en vivo" duplicadas en Photos.app y no se duplicarán, pero se reemplazarán con la versión correcta de la Foto en vivo. Utilice el botón "Importar selección".
El problema ahora es que la selección manual de miles de fotos no es una opción ... así que reimporté todo el rol de la cámara arrastrando un marco sobre todos los archivos ya importados, incluidos todos los duplicados (fotos fijas y fotos en vivo) en el Photos.app. Recibirá un mensaje de error que indica que "las ráfagas duplicadas no son compatibles", si también tiene ráfagas duplicadas para importar, pero esto es aún mejor en esta situación, evitando duplicados innecesarios. El resto de las fotos estáticas duplicadas se pueden filtrar utilizando la tercera Software para fiestas como Duplicate Annihilator o PowerPhotos.
Es realmente estúpido que Photos.app no ofrezca una opción para simplemente reemplazar las versiones fijas de Live Photos durante la importación ... facilitaría nuestras vidas.
¡No olvide desactivar Photo Stream para no volver a tener este problema!
¡Y haga copias de seguridad antes de perder el tiempo con su biblioteca de Photos.app!