R brillante bloqueo al cargar ejemplos (__cxa_guard_acquire interbloqueo detectado) cambiar la biblioteca estándar predeterminada de C ++

Navega tus respuestas
2

Quería probar R Shiny pero cada vez que intento alguno de los ejemplos, mi R falla: 

> require(shiny)
Loading required package: shiny
> runExample("01_hello")
libc++abi.dylib: __cxa_guard_acquire detected deadlock
Abort trap: 6

Ejecutando desde R Gui o RStudio obtengo más información (en los detalles). Noté una llamada a RcppExports.cpp antes de fallar. He tenido problemas con el libc++ (biblioteca estándar de LLVM C ++ con C + 11) versus el libstdc++ (biblioteca estándar de GNU C ++) anterior y dado que sé que Rcpp requiere la biblioteca GNU y la biblioteca LLVM es la predeterminada en Xcode 5 Sospecho que podría tener algo que ver con eso. ¿Alguien sabe cómo cambiaría la biblioteca predeterminada de C ++ que se carga en Mac OS X (10.9.1)? No para la construcción, obviamente, puedo anular eso manualmente en la marca. 

Process:         R [23120]
Path:            /Applications/R.app/Contents/MacOS/R
Identifier:      org.R-project.R
Version:         R 3.0.2 GUI 1.62 Snow Leopard build (6558)
Code Type:       X86-64 (Native)
Parent Process:  launchd [250]
Responsible:     R [23120]
User ID:         501
Date/Time:       2014-02-06 14:55:39.785 +0000
OS Version:      Mac OS X 10.9.1 (13B42)
Report Version:  11
Crashed Thread:  0  Dispatch queue: com.apple.main-thread

Exception Type:  EXC_CRASH (SIGABRT)
Exception Codes: 0x0000000000000000, 0x0000000000000000

Application Specific Information:
abort() called
__cxa_guard_acquire detected deadlock

Thread 0 Crashed:: Dispatch queue: com.apple.main-thread
0   libsystem_kernel.dylib          0x00007fff9a5e4866 __pthread_kill + 10
1   libsystem_pthread.dylib         0x00007fff8e92135c pthread_kill + 92
2   libsystem_c.dylib               0x00007fff980bebba abort + 125
3   libc++abi.dylib                 0x00007fff925a1141 abort_message + 257
4   libc++abi.dylib                 0x00007fff925c428e __cxa_guard_acquire + 192
5   httpuv.so                       0x000000010860500b Rcpp::RNGScope::RNGScope() + 33 (routines.h:74)
6   httpuv.so                       0x00000001086040d6 httpuv_makeTcpServer + 54 (RcppExports.cpp:32)
7   libR.dylib                      0x00000001001831ce do_dotcall + 1230 (dotcode.c:634)
8   libR.dylib                      0x00000001001ab2ad Rf_eval + 1181 (eval.c:642)
9   libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
10  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
11  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
12  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
13  libR.dylib                      0x00000001001b7717 do_set + 343 (eval.c:1902)
14  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
15  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
16  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
17  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
18  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
19  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
20  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
21  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
22  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
23  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
24  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
25  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
26  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
27  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
28  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
29  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
30  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
31  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
32  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
33  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
34  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
35  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
36  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
37  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
38  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
39  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
40  libR.dylib                      0x00000001001ad77e bcEval + 8894 (eval.c:4597)
41  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
42  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
43  libR.dylib                      0x00000001001ad77e bcEval + 8894 (eval.c:4597)
44  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
45  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
46  libR.dylib                      0x00000001001ad77e bcEval + 8894 (eval.c:4597)
47  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
48  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
49  libR.dylib                      0x00000001001ad77e bcEval + 8894 (eval.c:4597)
50  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
51  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
52  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
53  libR.dylib                      0x00000001001b7717 do_set + 343 (eval.c:1902)
54  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
55  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
56  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
57  libR.dylib                      0x00000001001baa55 do_for + 1525 (eval.c:1415)
58  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
59  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
60  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
61  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
62  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
63  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
64  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
65  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
66  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
67  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
68  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
69  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
70  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
71  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
72  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
73  libR.dylib                      0x00000001001d8b9a R_ReplDLLdo1 + 458 (main.c:363)
74  org.R-project.R                 0x000000010001f38e run_REngineRmainloop + 302
75  org.R-project.R                 0x000000010001379c -[REngine runREPL] + 124
76  org.R-project.R                 0x0000000100001b7e main + 910
77  org.R-project.R                 0x00000001000017e4 start + 52

Thread 1:
...

Thread 0 crashed with X86 Thread State (64-bit):
  rax: 0x0000000000000000  rbx: 0x00007fff7d09a310  rcx: 0x00007fff5fbf84d8  rdx: 0x0000000000000000
  rdi: 0x0000000000000707  rsi: 0x0000000000000006  rbp: 0x00007fff5fbf8500  rsp: 0x00007fff5fbf84d8
   r8: 0x00007fff925c7635   r9: 0x00007fff980e6900  r10: 0x0000000008000000  r11: 0x0000000000000206
  r12: 0x00007fff5fbf8660  r13: 0x0000000107d76548  r14: 0x0000000000000006  r15: 0x00007fff5fbf8540
  rip: 0x00007fff9a5e4866  rfl: 0x0000000000000206  cr2: 0x0000000100333fd4

Logical CPU:     0
Error Code:      0x02000148
Trap Number:     133
    
pregunta Hans Roggeman 06.02.2014 - 16:23

2 respuestas

1

Mi problema similar se resolvió actualizando los paquetes en los que se basa. Hice esto con: 

install.packages(c("Rcpp", "httpuv", "shiny"))

o en general: 

update.packages()
    
respondido por el MarkeD 14.02.2014 - 18:33
1

Estaba teniendo un problema similar. Haciendo la instalación de esta manera y luego llamando explícitamente a library (Rcpp) además de library (shiny), solucioné esto para mí.

    
respondido por el Emrb 10.03.2015 - 01:20

Lea otras preguntas en las etiquetas

Cómo bloquear películas de Angry Birds Toons en la aplicación de iOS (como Angry Brids Go) ¿Cómo agregar una aplicación dentro del paquete de aplicaciones (CrashPlan menu bar.app) al índice Spotlight?