Como solución alternativa, he encontrado esto:
Anotar con vista previa o GoodReader. En el iPad, GoodReader puede extraer el texto de las anotaciones, cuando selecciona "ver resumen". Este resumen se puede guardar como un archivo txt.
[ Actualización : GoodReader parece haber eliminado 'ver resumen' en formato .txt por alguna razón incomprensible. Una solución alternativa (al menos para mí) es utilizar el servicio gratuito, Enviar a DropBox . Simplemente selecciona 'resumen de correo electrónico', y las anotaciones aparecen en un mensaje de correo electrónico. Envíelo a su dirección de correo de Enviar a DropBox y tendrá un archivo .txt con sus anotaciones. De muchas maneras, si usa DropBox, esto es más fácil porque corta el paso de cargar el .txt]
En OS X, descargué Skim . Puedo abrir una copia de un pdf anotado en Vista previa o GoodReader, luego convertir las anotaciones al formato .skim seleccionando el archivo > convertir notas. Una vez hecho esto, puedo seleccionar el archivo > exportar y hay una opción para exportar notas como un archivo txt.
Si alguien puede encontrar una solución más elegante, me gustaría mucho escucharla.