No puedes usar Time Machine para hacer una copia de seguridad de Windows, si te refieres a eso.
La única forma en que podría hacerlo es si aloja la instalación de Win en una máquina virtual como Parallels (Paid) o VirtualBox (gratis), entonces, por supuesto, se realizará una copia de seguridad de su VM completa junto con todo lo demás en tu mac.
Aún así, retroceder a un estado en particular (o recuperar un archivo en particular) de esa manera sería como encontrar una aguja en un pajar.
Sugeriría que sería mejor mantener un clon de su instalación de Windows y una copia de seguridad de clonación / TM separada de su instalación de OS X (en un disco separado).
No solo es esta la única solución práctica, lo que es más importante, también es la más segura. Nunca guarde todos sus huevos en una cesta (disco duro) cuando se trata de copias de seguridad, especialmente con Time Machine, que tiene el hábito de corromperse solo cuando menos lo desea.