Sí, son diferentes, al menos un poco. Acabo de hacer una prueba rápida utilizando una escena de playa rocosa que tomé en la computadora de mano. Probé Final Cut Pro X (v.10.0.6) e iMovie (v.9.0.9) y utilicé sus configuraciones de estabilizador predeterminadas (que en iMovie son básicamente todo lo que tienes). En cuanto a los resultados, FCPX se ve un poco mejor, pero no por una cantidad significativa en mi opinión. Donde FCPX realmente se hace útil es en la capacidad de ajustar los parámetros de la estabilización. Con iMovie, si no te gusta lo que hizo la aplicación, estás bastante atascado. Con FCPX, puede hacer más ajustes y pruebas para ayudar a hacer las cosas bien.
Otra nota, más pequeña: iMovie parece bloquearte el uso de la aplicación mientras está calculando y aplicando la estabilización, mientras que FCPX lo hará en segundo plano y te permitirá seguir trabajando mientras calcula.