La ejecución de un sistema operativo de forma nativa frente a la ejecución a través de una máquina virtual tiene sus puntos fuertes y débiles.
Ejecutarlo de forma nativa te dará un mejor rendimiento porque no estás ejecutando dos sistemas operativos al mismo tiempo. Su instalación nativa tendrá todos los ciclos de RAM y CPU para sí mismo. Si tiene espacio adicional en HD que no le importa particionar para usarlo en la instalación, es genial, solo asegúrese de tener suficiente espacio al principio porque expandir las particiones puede ser una molestia. Hay muchas guías para instalar Ubuntu en su mac en toda la web, generalmente involucrando rEFIt. Esto puede ser un poco complicado dependiendo de la mac que tengas, pero si sigues las guías cuidadosamente, todo saldrá bien.
Ejecutarlo en una caja virtual puede ser genial, ya que es la forma más fácil y sin problemas de obtener Ubuntu en tu Mac. Esto es lo que recomendaría. Tenerlo en una caja virtual significa que no tiene que particionar su unidad, generalmente se puede mover fácilmente entre Macs, y no requiere que reinicie su máquina, incluso puede eliminarla si la odia y no repartición para recuperar su espacio. Y lo mejor de todo es que aún puede acceder al lado de mac en cualquier momento y cambiar entre ambos sin problemas. Las desventajas de esto son generalmente el rendimiento cuando se trata de cosas pesadas, si está haciendo cosas regulares (navegación web, programación, edición de documentos, etc.) aunque no será un problema, si planea hacer un súper CPU, RAM Si usa GPU de manera intensiva en su lado de Ubuntu, es posible que desee considerar la ruta de instalación nativa. Aunque realmente depende de ti. Cuanta más memoria RAM, mejor. La mayoría de las máquinas vienen con 4 GB, lo que es bueno para ejecutar OSX Lion y Ubuntu en paralelo.
Personalmente, recomendaría probar primero la instalación de la caja virtual, ver cómo te gusta y cómo funciona. Si todo es genial, no hay necesidad de probar la instalación nativa. Si no es así, entonces esas guías en todo el Internet marcarán el camino.
Espero que esta respuesta te ayude.