Básicamente, su forma de ver las carpetas en el sistema operativo significa que en la carpeta principal que abre la ventana del buscador será la carpeta en la que se detecta que está haciendo que CMD + V se pegue en esta carpeta.
Incluso si ha expandido las subcarpetas, el sistema operativo lo ha hecho de modo que en este formato de visualización no haya ingresado realmente a la carpeta, por lo que el pegado aún se produce en la carpeta principal más alta.
Intente abrir la carpeta con un doble clic en el nombre de la carpeta o cambie su formato de visualización a columnas para verificar el contenido de las carpetas, como parece que quiere, es fácil, pero es posible pegar en lugares específicos.