Vaya a: ~ / Library / Containers / com.apple.BKAgentService / Data / Documents / iBooks / Books y haga una copia de seguridad del archivo Books.plist.
Haz doble clic en Books.plist cuando debería abrirse en el Editor de la lista de propiedades, suponiendo que tienes Xcode instalado.
Expande Root > Books y examina cualquier elemento de Apple para ver el formato. Busque el elemento que contiene su PDF (lo llamaré 'itemX') y ábralo. Si hay una clave de género, todo lo que tiene que hacer es editar el campo de valor. De lo contrario, seleccione 'itemX' y haga clic en 'Agregar niño' en la parte superior izquierda para insertar un nuevo par de clave / valor en blanco.
Rellene el 'género' para la clave, la cadena (la predeterminada) es correcta para el tipo y para el valor, inserte la categoría que desea asociar con el PDF (puede inventar el suyo propio).
Guarde, reinicie su computadora, abra iBooks, y su PDF ahora debería tener la categoría que le asignó.
A continuación, debe sincronizar su iPad con su Mac con iTunes, pero antes de hacerlo debe eliminar los archivos PDF de su iPad, de modo que tenga las versiones "nuevas" con las categorías modificadas. Es posible que tenga que reiniciar su iPad para ver los cambios.
Es un poco complicado, pero a mí me funciona en Mavericks con mi iPhone.