Desafortunadamente, Time Capsule no realizará una copia de seguridad de tu partición de Windows. Tendrías que hacerlo por separado.
Le sugeriría que utilice un programa como Crashplan para hacer una copia de seguridad de todo su disco duro de Windows en un disco duro externo (gratis con Crashplan ). Luego formatee y / o restaure su disco duro Mac OS X de Time Capsule sin cambiar las particiones, y finalmente formatee y / o restaure su partición de Windows desde la copia de seguridad de Crashplan.
Por supuesto, Windows es Windows, necesita un formato de vez en cuando (sí, tengo prejuicios) y no tengo una opción adecuada de "restaurar todo el sistema desde la copia de seguridad" como Mac OS X, una ruta más fácil podría ser haga una copia de seguridad de los datos importantes reales de su partición de Windows, como documentos y preferencias de aplicaciones, en un disco duro externo, y luego formatee la partición e instale una copia nueva de Windows en la que copie sus datos importantes. Eso es probablemente lo que yo haría.