Puede hacerlo a través de la interfaz AppleScript de Terminal, por ejemplo, para establecer el color de fondo de la primera pestaña en la primera ventana en verde:
tell application "Terminal"
set tabsettings to current settings of tab 0 of window 0
set background color of tabsettings to {0, 32768, 0} -- colours are 16-bit
end tell
Esa es la buena noticia. La mala noticia es que la opacidad de fondo no está expuesta a AppleScript en Lion (esto parece ser un descuido de Apple). Sin embargo, puedes cambiar prácticamente todo lo demás así (consulta la Biblioteca en AppleScript Editor para ver la lista completa). Hay algunos AppleScripts locos por ahí que ajustan la opacidad del fondo mediante la emulación de pulsaciones de teclas en la Terminal, pero ese enfoque es demasiado horrible como para vincularlo.
Una vez que tenga el código AppleScript para cambiar la configuración a su gusto, hay muchas formas de vincular su script a una clave .