Tuve algunos problemas extraños al copiar texto de un PDF en mi iPad (siempre tengo un montón de ????), así que decidí ejecutar mi pdf a través de xpdf para ver si eso solucionaría las cosas:
pdftops naughty.pdf intermediate.ps
pstopdf -o good.pdf intermediate.ps
Después de que se ejecutó el primer comando, obtuve el siguiente error:
Config Error: No display font for 'Helvetica-Bold'
Config Error: No display font for 'Times-Bold'
Config Error: No display font for 'Times-BoldItalic'
Config Error: No display font for 'Times-Italic'
Config Error: No display font for 'Times-Roman'
En una instalación de Linux, normalmente resuelvo esto instalando un paquete de fuentes, pero no estoy seguro de qué hacer en OS X.