Sí. A menos que compre las aplicaciones a través de App Store, no serán aplicaciones oficiales de App Store. Lo que significa que no es necesario volver a instalar si alguna vez lo ha necesitado, no instalar en otras Mac, etc. Y no obtendrá actualizaciones a través de la App Store, obtendrá actualizaciones a través de Actualización de software (que puede encontrar en las Preferencias del sistema).
Sin embargo, si / cuando actualizas a Mountain Lion, que salió la semana pasada, la Actualización de software se ha integrado en la App Store. Por lo tanto, todo el software de Apple, independientemente de si se compró o no a través de la App Store, se actualiza en un solo lugar.