He estado teniendo este problema por un tiempo ahora. No puedo recordar si fue un problema cuando estaba usando Mavericks, pero solo lo noté usando Sierra.
Cada vez que inicio el control de la misión (usando F3 o el gesto de los tres dedos hacia arriba), si hago clic en una ventana, o si simplemente quiero volver a la ventana original en la que estaba, se abre otra ventana abierta.
Este problema es extremadamente frustrante, ya que casi siempre tengo que hacer clic en la ventana en la que estaba originalmente cuando la veo detrás de la otra ventana que aparece.
Estoy usando una Macbook Pro a principios de 2015 en MacOS Sierra versión 10.12.1