Sí. Crear una nueva partición, instalar Yosemite (o el sistema operativo Mac que más te guste) allí y luego copiar / descargar el instalador en ella es una excelente manera de borrar tu partición primaria.
Luego, puede instalar limpiamente OS X en la primera partición y luego eliminar la partición "provisional", y finalmente cambiar el tamaño de la primera partición para tomar nuevamente todo el disco.
Mi camino es "mejor", ya que si instala en la segunda partición, eliminar la primera podría dejarle espacio para que no pueda volver a crecer la segunda partición para recuperar la primera. Nunca he visto un caso en el que no pueda eliminar las particiones de seguimiento y luego crezca el primero para ocupar todo el espacio.