Esto podría ser simplemente una preferencia personal, pero cuando trabajo con varios PDF en Vista previa, generalmente los tengo abiertos en ventanas separadas.
Supongamos que tiene tres archivos PDF abiertos, cada uno en su propia ventana de Vista previa. Luego puede usar cmd ~ para cambiar entre las ventanas activas. Ya que todos están abiertos en su propia ventana, nunca perderá su lugar en ninguno de los documentos.
El acceso directo cmd ~ funciona para cualquier aplicación que tengas abierta, que tenga más de una ventana abierta, AFAIK.
Si está configurado para mantener todos los archivos PDF en una ventana de vista previa, creo que la sugerencia de Klanomath sería su mejor opción.