Desafortunadamente, solo debes recordar hacerlo cada vez que crees un archivo o directorio. No hay forma de que pueda hacer esto a través de herramientas de software o formateando un sistema de archivos en particular. Después del hecho puede usar software para convertir espacios a '.' o '-' sin embargo.
Obviamente, lo que describe es una excelente idea y una buena práctica cuando trabaja en un entorno * nix. Probablemente encontrará que cuanto más tiempo pase en la Terminal, más inclinado estará a crear nombres de archivos cortos y sin espacios. Desafortunadamente, los mismos Apple hacen que su tarea sea imposible, ya que a menudo utilizan nombres de directorios o archivos de varias palabras.
En cuanto a la primera parte de su pregunta: puede estar seguro de que siempre podrá manipular los archivos en la Terminal, incluso si contienen muchos espacios, etc. Es solo un caso de "escapar" de los espacios mediante al escribir un '\' donde se ubicaría el espacio, como se señala.
Completar pestañas puede ser un ahorro de tiempo real aquí, pero en general es mejor evitar el problema en primer lugar.