¿Ejecutó la reparación en el disco (la entrada superior en la barra lateral de la Utilidad del Disco) o en el volumen (la entrada con sangría debajo del disco)? Ellos comprueban (y reparan) diferentes cosas:
La comprobación de un disco comprueba el mapa de partición y las particiones ocultas (como la partición EFI). No no verifica las estructuras de datos del volumen (excepto los volúmenes encriptados, para ellos también verifica el volumen). Esto normalmente toma unos segundos.
Al revisar un volumen, se verifican las estructuras de datos que realizan un seguimiento de los archivos individuales dentro del volumen. En un volumen con una gran cantidad de archivos (por ejemplo, un volumen del sistema OS X), esto puede tomar varios minutos.
Generalmente, al verificar / reparar la integridad de un disco, recomiendo realizar ambas operaciones. Primero haga el disco, y si eso le da un estado de salud limpio, proceda a verificar el (los) volumen (s) que contiene.