Tengo un Mac Pro 2008 con El Capitán y también experimenté ralentizaciones con Time Machine. La desaceleración no tuvo nada que ver con la velocidad del disco duro. Nunca había usado Time Machine hasta que bajé de Snow Leopard a El Capitán. Cometí un error y dejé que Time Machine intentara hacer una copia de seguridad de todas las unidades conectadas. (Tengo cuatro unidades de disco duro internas y se conectaron dos unidades de respaldo externas). Rompí las copias de seguridad de Time Machine y las configuré para hacer una copia de seguridad de solo mi unidad principal. Terminó la copia de seguridad de la noche a la mañana, pero mi Mac seguía siendo lenta cuando Time Machine estaba encendido. Apagar la máquina del tiempo devolvió mi Mac a velocidades normales. Pasé mucho tiempo resolviendo este problema. Algunos comentarios de blogs indicaron que los permisos "incorrectos" podrían causar retrasos durante las copias de seguridad. Tenía muchos permisos personalizados de archivos y carpetas de mis días de Snow Leopard. Regresé a los permisos predeterminados en todos los archivos y carpetas de mi disco duro principal, y eso aumentó la velocidad de mi Mac mientras se ejecutaba Time Machine, pero no a la velocidad normal.
Mi Mac Pro tenía 5 GB de RAM, lo que Apple dice es suficiente para El Capitán. Sin embargo, la memoria RAM es barata, por lo que la puse a 11 GB. Esto no hizo nada para el problema de la máquina del tiempo. Ayudó con Canvas Draw porque mantiene la mayor cantidad posible de elementos gráficos en la RAM.
Renuncié a la operación continua de Time Machine. Realizo una copia de seguridad de clonación diaria y una copia de seguridad de Time Machine una vez por semana. Eso ha funcionado bien. Me retiré, por lo que una falla que causa la pérdida de datos en un día no es un desastre. Si necesita copias de seguridad continuas, le recomiendo más solución de problemas: instale su sistema operativo en una unidad borrada. Pruebe algunas aplicaciones para tener una idea de la velocidad. Configura Time Machine y haz que respalde tu disco. Una vez hecho esto, use aplicaciones que creen datos, como un editor de texto, una hoja de cálculo, iMovie, etc. Vea si la velocidad de su Mac permanece casi igual mientras que Time Machine hace una copia de seguridad de los nuevos datos. Si no hay una ralentización, entonces algo en su software de unidad principal está interactuando con Time Machine para ralentizar su Mac. Deshaga su archivo de preferencias de Time Machine: com.apple.TimeMachine.plist en suDrive / Library / Preferences. Es poco probable que ayude, pero es fácil. Si eso no ayuda, entonces arreglar el problema es difícil. Esto no es como los buenos viejos tiempos con Conflict Catcher. El único enfoque que conozco es una instalación limpia seguida de la instalación de otras aplicaciones una a la vez hasta que se identifique la que contribuye a la ralentización de Time Machine. Esto llevará muchas horas. Una alternativa es descargar demostraciones de programas de terceros que ofrecen copias de seguridad continuas.
Si el sistema operativo y el software recién instalados también experimentan una ralentización cuando se ejecuta Time Machine, es posible que tenga un problema de hardware. Buena suerte con eso.