¿Cómo cerrar un archivo y una carpeta usando bash?

Puedes usar osascript para ejecutar un applecript que cierra una ventana en una aplicación determinada:

#!/bin/bash                                                                     
osascript -e "tell application "$1"                                             
close window 1                                                                  
end tell"

Guarde este script de shell como "closewindow" y haga chmod + x closewindow.

De esta manera ejecutando:

$ closewindow appname

cerrará la ventana 1 del nombre de la aplicación.

También debe haber una forma de obtener el número de ventanas abiertas y cerrar la que se abrió por última vez, pero no puedo encontrarla ahora mismo

El comando abrir abre un archivo en la aplicación predeterminada para ese archivo. Para cerrar el archivo en esa aplicación, deberá controlar la aplicación para cerrar el archivo. Esto dependerá de lo que sea la aplicación; no todas las aplicaciones admiten el control de AppleScript, por ejemplo, y abandonar la aplicación no es lo mismo que cerrar un archivo.

No puede cerrar un archivo directamente, esto es responsabilidad de la aplicación.

Si salir de la aplicación es una opción, puedes usar kill o pkill para salir.

O puede intentar usar Apple Script para cerrar una ventana individual. Consulte ¿Cómo cierro un ventana de una aplicación, pasando el nombre del archivo? en SuperUser