No es recomendable ejecutar una VM fuera de USB a menos que no tenga otras opciones; será muy lento como otros ya han respondido.
En mi iMac, ejecuto varias VM virtuales (Windows 7, Win10, Server 2012 y FreeBSD). FreeBSD y Win10 funcionan todo el tiempo, los otros solo cuando estoy haciendo algo específico. Mi máquina con Windows 10 es la única en mi disco interno, pero las otras están ubicadas en WD Thunderbolt Drive y se inician y funcionan perfectamente bien ; No tengo ninguna queja.
Por cierto, uso mi VM de Windows exactamente por las mismas razones que tú: Visio, Project y algunas características de OneNote que no han llegado a la versión para Mac.
En cuanto a que las unidades externas son demasiado grandes, definitivamente veo su punto, pero lo único que está a su favor es que puedo usar unidades "de nivel empresarial" que están diseñadas para uso 24/7 y, por lo tanto, han sido extremadamente confiable sin absolutamente ningún tiempo de inactividad en el que tuve que reemplazar una unidad portátil (que nunca dejé de mi escritorio) después de aproximadamente 18 meses. Fue un intercambio que estaré dispuesto a hacer.
He estado evaluando el cambio a una unidad portátil como el Transcend model pero como mi iMac (por diseño) no va a ninguna parte, No es un tema crítico para mí. La pregunta es, ¿estás lejos de tu escritorio lo suficiente como para necesitar una unidad TB portátil o funcionará una versión de escritorio?