Esperaba obtener una mejor respuesta que la que recibiste, porque estoy buscando lo mismo. De todos modos, contribuiré con mi solución porque está más cerca de salvar esa división de texto sin formato / texto enriquecido.
Estoy usando SubEthaEdit, active "Mostrar modificaciones" y luego borre todas las modificaciones. Esto resalta lo que cambio, así que puedo eliminar + deshacer una palabra o línea para resaltar algo. En esta aplicación, puede guardar como texto o un documento Subetha, dependiendo de si desea guardar los puntos destacados pero los míos son casi siempre transitorios. Me gusta porque puedo abrir un documento de texto directo (código fuente o archivo de registro) e inmediatamente comenzar a resaltar sin necesidad de convertir a RTF primero. También tiene un espectacular soporte de expresiones regulares (e incluso he usado la función de titular: edición colaborativa, pero no por un tiempo). Lamentablemente, no puede realizar anotaciones sin distracciones ni utilizar varios colores ni nada.
Tampoco es gratis, pero incluso con todas las advertencias que mencioné, me ha salvado muchas veces y valió la pena. ¡Seguiré comprando cosas hasta que encuentre la!