Según Apple, debes probar algunas opciones:

Comprueba el ratón y el teclado

• Este problema puede ocurrir si se presiona un botón del mouse o trackpad durante el inicio. Asegúrate de que el botón no esté presionado.

• Si el problema persiste, apaga tu Mac con su botón de encendido, desconecta cualquier mouse y teclado externos, luego enciende tu Mac con su botón de encendido. Si el problema con el signo de interrogación intermitente persiste, vuelva a conectar el teclado y el mouse.

Si su Mac aún comienza con un signo de interrogación intermitente, siga los pasos a continuación. Si algún paso resuelve el problema, no necesita continuar con el siguiente.

• Seleccione el disco de inicio de Mac OS X con el Administrador de inicio reiniciando y manteniendo presionada la tecla Opción. Después de que se inicie su Mac, reinicie de nuevo para verificar que no aparece el signo de interrogación parpadeante.

• Si el problema persiste, inserte el disco de instalación de Mac OS X. Asegúrese de usar el disco que viene con su Mac o, si instaló una versión posterior de Mac OS X del disco, use el disco más nuevo.

• Nota de MacBook Air: En una MacBook Air, hay dos opciones para iniciar desde el Mac OS X: conecte una MacBook Air SuperDrive a la MacBook Air a través del puerto USB y reinicie la computadora manteniendo presionada la tecla C durante el inicio, o use la Instalación remota de Mac OS X para iniciar desde un DVD del software del sistema que se encuentra en una computadora asociada. Una vez iniciado desde los medios de Mac OS X, vaya al paso 3.

• Reinicie la computadora, luego mantenga presionada la tecla C durante el inicio.
• En el menú Utilidades, elija Utilidad de disco. No haga clic en Continuar.
• Seleccione su disco de Mac OS X (llamado "Macintosh HD" de manera predeterminada) en el lado izquierdo de la ventana de la Utilidad de Disco.
• Haz clic en la pestaña Primeros auxilios.
• Haga clic en Reparar disco para verificar y reparar cualquier problema con su disco de inicio de Mac OS X.

• Después de reparar el disco, intente iniciarse normalmente.

  Importante: si la Utilidad de Discos encuentra problemas que no puede reparar, es posible que deba hacer una copia de seguridad de la mayor cantidad de datos posible (o usar Time Machine para hacer copias de seguridad en un disco diferente), luego borrar el disco y reinstalar Mac OS X .

• Si el problema persiste y la Utilidad de Discos no encontró ningún problema irreparable, salga de la Utilidad de Discos, salga del Instalador, seleccione su disco cuando se le solicite y reinicie.

• Si el problema continúa, restablece la PRAM. Nota: después de restablecer la PRAM, si la computadora se inicia normalmente, vuelva a seleccionar el disco de inicio en las preferencias del Disco de inicio.
• Si ninguno de estos pasos resuelve el problema, inicie desde el disco de instalación de Mac OS X y vuelva a instalar Mac OS X.

De:
A flashing question mark appears when you start your Mac
enlace

Significa que el volumen desde el que está intentando iniciar no se puede iniciar, tal vez se haya eliminado el directorio / System o no se haya instalado un sistema operativo, o el disco podría estar fallando.

Significa que la computadora no puede encontrar un disco utilizable con un sistema operativo utilizable en él.

Coloque el DVD de instalación de Mac OS X que venía con su computadora. Mantenga presionada la tecla c en el teclado y manténgala presionada mientras enciende la computadora.

Intenta reinstalar el sistema operativo. Si el instalador no puede encontrar un disco para usar, significa que hay un problema con el disco duro.

Si puede reinstalar con éxito, eso debería solucionar el problema. No hay forma de saber con certeza qué parte de sus datos sobrevivirá.

¡Buena suerte!