No conozco una forma de hacerlo, y si lo hiciera, no lo recomendaría en absoluto. Primero, porque tratar de trabajar con archivos parcialmente descargados es una buena manera de meterse en problemas. Dependiendo de cómo funcionen los programas que desea usar en el archivo, pueden o no enfrentar la modificación del archivo cuando intentan usarlo. Un reproductor de medios, por ejemplo, puede verificar la integridad del archivo antes de reproducirlo y rehusarse a reproducir un archivo dañado. O puede anotar la longitud del archivo (cuando se abre) y asumir que es la longitud que siempre tendrá. O puede leer todo el archivo en la memoria (tal como existe cuando se abre) y luego reproducirlo sin retroceder para ver si se ha alargado. O ... muchas cosas pueden salir mal.
El otro problema es que ese archivo .download no es realmente el archivo parcialmente descargado. Es un paquete de Finder: una carpeta con contenidos ocultos que el Finder trata como un archivo normal. Puede ver su contenido haciendo clic con la tecla Control presionada (o haciendo clic con el botón derecho) en el archivo .download y seleccionando Mostrar contenido del paquete en el menú de acceso directo. Dentro de él, verá un archivo Info.plist con información sobre la descarga (puede seleccionarlo y presionar Comando-Y para ver la información en formato XML). También verá el archivo parcialmente descargado, bajo su nombre habitual.
Si realmente quieres hacer algo con el archivo parcialmente descargado, ese archivo dentro del paquete .download es lo que quieres y ya tendrá el nombre correcto. Pero, de nuevo, no lo recomiendo por las razones del primer párrafo.