¿Hay alguna diferencia al colocar los archivos MP3 en la carpeta "Música" en lugar de otra ubicación?

Puede colocar la "raíz" del directorio de iTunes Media, "iTunes Music", donde desee, aunque personalmente prefiero mantener todos los archivos de la base de datos en su ubicación original & solo mueva los archivos de la canción ellos mismos.
Esta es posiblemente la configuración que tienes actualmente.

Para moverlo a cualquier otro lugar, la forma más sencilla es cambiar el directorio en iTunes prefs > Avanzado a la nueva ubicación deseada.
También marque 'mantener organizado' & 'copiar archivos a la carpeta de medios'

Ha pasado mucho tiempo desde que hice esto, por lo que el siguiente paso puede ser automático o manual: haga una prueba para ver.

Automático: cuando aceptes ese cuadro de diálogo, iTunes te preguntará si puede consolidarse en las nuevas ubicaciones; di sí.
Manual: si no se solicita, desde el menú Archivo > Biblioteca > Consolide los archivos para que haga lo mismo manualmente.

Esto copiará todos los archivos de canciones de los que se está realizando el seguimiento en la nueva ubicación - & entonces siempre usarás esa ubicación cada vez que agregues música nueva.

Tenga en cuenta que en mi ejemplo anterior, iTunes_Remote es el directorio de nivel superior; en su interior, iTunes creará las carpetas necesarias para audiolibros, películas, música, etc., según sea necesario.

Respuesta simple, no hay diferencia en la ubicación del archivo que lo hará diferente según la ubicación en la computadora.

La razón por la que tienes una carpeta de "Música" en el Mac es solo por organización. Una carpeta ya creada para que puedas colocar fácilmente toda tu música. Al colocar tu música en la carpeta Documentos, o en la carpeta de Descargas, cualquier aplicación de reproductor de música podrá reproducirla.

Sin embargo, hay una ventaja de tener archivos mp3 en tu carpeta de Música porque iTunes busca en ese directorio automáticamente los archivos para agregar a tu biblioteca.

Entonces, para responder a todas sus preguntas ...

1) ¿Están indexados de manera diferente? Defina 'indexado'. No se tratan de manera diferente si eso es lo que está preguntando.

2) ¿Las aplicaciones las ven de manera diferente? No, pero iTunes busca archivos reproducibles en la carpeta Música y en ningún otro lugar de tu sistema.

3) ¿Archivos sueltos? Como dije anteriormente, cualquier archivo en cualquier parte de su sistema sigue siendo el mismo tipo de archivo. No importa dónde esté ubicado. No lo hace algo más debido a la colocación. Nuevamente, esos directorios están destinados a la organización.

tldr; póngalos en su carpeta de Música para que iTunes encuentre rápidamente los archivos.