Otro enfoque es eliminar los "Índices de Sobre" de Apple Mail como se sugiere en esta publicación en el foro :
Por favor, elimine sus índices de sobres. Para esto, primero debe salir de Mail, luego eliminar cualquier Índice de Sobre en su usuario Library / Mail / V2 / MailData . Eliminar los índices de sobres obligará a Mail a reconstruir su base de datos y, con suerte, buscará nuevamente. (Mail le pedirá que "importe" sus mensajes, "pero solo está reconstruyendo su base de datos.)
Se publicó en 2014, y como se sugiere en esta respuesta es posible que deba cambiar de "V2" a "V3" o "V4" según corresponda dada la versión de su sistema:
el nombre de la carpeta puede ser diferente dependiendo de su sistema respaldado, "V2" es para Mavericks, "V3" es para El Cap, "V4" es para Sierra