No es posible (al menos no que yo sepa) especificar el directorio de destino de Filevault. Funcionará trabajando automáticamente con su carpeta de inicio creando (si está en Leopard o superior) un Sparse Bundle (o una Sparse Disk Image si estás en Tiger). El motivo del cambio tiene que ver con Time Machine (y para permitir, en cierta medida, hacer una copia de seguridad de una FileVaulted home).
Sin embargo, puede prácticamente "replicar" la funcionalidad de FileVault para una (s) carpeta (s) específica (s) utilizando Utilidad de disco para crear una imagen cifrada de la carpeta en cuestión. Tendría que montar esta imagen cada vez que quiera usarla, pero el "efecto" es similar.
Puede crear enlaces simbólicos a los archivos y agregar la imagen a los elementos de inicio de sesión si tiene una aplicación que necesita Los datos en su ubicación original (que es bastante común). Posiblemente tendrá que agregar la contraseña de la imagen al "Llavero" para que se expanda automáticamente.
Sería importante leer acerca de las limitaciones de Time Machine , desde un directorio de inicio de FileVault solo puede ocurrir cuando se está conectando (o desconectando). Para que Time Machine actúe como un habitual, necesita la edición OS X Server como destino.
De acuerdo con la entrada de wikipedia (que debería haber citado al principio, ya que tiene toda esta información, mejor escrita y más completa):
FileVault se limita a cifrar directorios principales solo en versiones de Mac OS X anteriores a 10.7, y solo a esos directorios en su totalidad. FileVault puede cifrar discos completos a partir de Mac OS X versión 10.7
(énfasis agregado por mi)
Queda por verse si esto es cierto o no, ya que no especulamos acerca de futuras versiones, pero tenemos que tenerlo en cuenta.
Como alternativa, hay "múltiples" programas que también te ayudarán a mantener una "bóveda" segura de cosas. Menciono Exces porque lo obtuve de un paquete hace un par de años. Lo utilicé tres veces y funciona; puede haber alternativas gratuitas (además de usar la "Utilidad de Disco").
Actualización : se agregó el enlace provisto por Kyle, porque explica cómo hacerlo, pero mantuvo mi respuesta porque es "más larga" :)