Cuando restaura la copia de seguridad de su teléfono anterior, se borrará todo el contenido que esté actualmente en el teléfono. No existe una forma oficial o fácil de usar para combinar archivos de respaldo de iOS. Los métodos que existen son muy piratas e involucran jailbreak a tu teléfono primero, pero ninguno de ellos es actualmente compatible con iOS 6.
Si bien actualmente no hay manera de combinar los dos archivos SMS, no tiene que perder completamente los mensajes que ya están en su teléfono. Puede usar un programa como PhoneView o iExplorer para recuperar los archivos SMS de su nuevo teléfono antes de restaurar la copia de seguridad y almacenarlos como un archivo de texto. Personalmente uso PhoneView, pero ambos programas (así como un montón de otros que estoy seguro de que otras personas con gusto señalarán) funcionan igual de bien.
Como nota final, si la combinación de los mensajes de texto de las dos copias de seguridad es la única forma de hacerlo, existe un método que actualmente no es compatible con iOS 6 pero que probablemente lo será en algún momento en el futuro. Como dije anteriormente, es hackie y puede requerir un jailbreak, pero una vez que se actualice para que funcione con iOS 6 hará lo que está pidiendo. El script está disponible en enlace . No lo he usado personalmente y no puedo responder por su seguridad, seguridad o eficacia, pero tiene un historial bastante antiguo y una reputación decente en línea.