En cada inicio, OSX 10.8 siempre verifica el dock para ciertas aplicaciones (Launchpad, Appstore, Reminders, Notes, etc.), y las agrega de nuevo al dock si se han eliminado. (No tengo idea de por qué, esto me parece extraño y me molesta también).
La solución es editar el archivo plist del sistema (/Library/Preferences/com.apple.dockfixup.plist), eliminando los elementos de configuración que definen estas "correcciones". Para modificar este archivo, necesitará privilegios de administrador: TextWrangler debería avisarle automáticamente, cuando comience a cambiar las cosas.
En el archivo plist, busque la clave "add-app", que debe ir seguida inmediatamente por un elemento, que contiene varios elementos:
<key>add-app</key>
<array>
<dict>
...
</dict>
<dict>
...
</dict>
...
</array>
Puedes eliminar selectivamente solo los elementos para ciertas aplicaciones, o puedes eliminarlos todos.
Después de guardar esos cambios, todavía tendrás que eliminar manualmente los iconos de acoplamiento ofensivos. Sin embargo, en futuros reinicios, el sistema no agregará automáticamente esas aplicaciones al dock. (Siempre puede volver a agregarlos manualmente, si lo desea).