Realmente no se considera "malo" colocar carpetas allí, pero (como has visto) puede causar problemas con algunas aplicaciones.
El motivo por el que fallan las actualizaciones: el instalador / actualizador busca una aplicación en la carpeta / Aplicaciones y no la encuentra. Por lo tanto, se supone que la aplicación aún no está instalada y que está intentando instalar la aplicación completa desde la actualización, por lo que falla.
Alternativamente, la aplicación podría duplicarse porque el actualizador no encuentra la aplicación y decide instalar una nueva copia.
Para evitar este problema, esto es lo que recomiendo:
Crea otra carpeta de "aplicaciones organizadas" en algún lugar.
Haga carpetas en él como lo ha hecho en su carpeta / Aplicaciones.
Abra una ventana del Finder para / Aplicaciones y una para su nueva.
Selecciona diez aplicaciones en tu carpeta de aplicaciones. Haga clic derecho y elija Crear alias. Dale un segundo. Luego, arrastre los alias que ha hecho a la nueva carpeta. Repita esto ( diez aplicaciones a la vez ) con el resto de su carpeta / Aplicaciones.
Ahora, tienes 'enlaces' a todas tus aplicaciones en tu nueva carpeta. Organízalos como quieras. Ahora puede hacer doble clic en los alias en esa carpeta para iniciar las aplicaciones a las que corresponden. Siéntase libre de cambiar el nombre y reorganizar estos alias como desee.
Tenga en cuenta que, con este método, las actualizaciones deberían funcionar. Sin embargo, tendrá que agregar manualmente cada aplicación que instale en la otra carpeta.