Si tiene el formato FAT-32 con Esquema de partición basado en MBR , prácticamente todos los sistemas operativos deberían poder leerlo sin problemas o con controladores de terceros.
El único inconveniente es que FAT-32 no admite archivos de más de ~ 4.2GB. Si eso es un problema, sugeriría NTFS. Esto requiere un controlador adicional ( NTFS3G ) para escribir (NTFS funciona solo lectura en OS X solo ), pero también es compatible con casi todas las plataformas (Windows, Linux, Android, Mac OS X, FreeBSD, NetBSD, OpenSolaris, QNX, Haiku y más ...).
El esquema de partición GUID es mucho más reciente que los mapas de partición basados en MBR, por lo que no es tan ampliamente soportado. Todo debería soportar MBR. Si está bien con solo Win Vista / 7, OS X y cualquier versión reciente de Linux, el esquema de partición GUID también debería funcionar.
Vale la pena señalar que el problema con la lista de archivos que mencionas en la pregunta es muy extraño. Me suena como un volumen dañado en la unidad (por ejemplo, una unidad defectuosa o alguien tiró de la energía en medio de una escritura y algo se corrompió). He tenido muchas unidades externas (15+) y nunca tuve problemas con el sistema USB subyacente que no se solucionó simplemente desconectando / volviendo a conectar el cable.
El clase de dispositivo de almacenamiento masivo USB es extremadamente bien comprendido, documentado y probado, y tiene un dispositivo implementarlo de forma inadecuada (particularmente de una compañía tan grande como Seagate) en este punto es muy poco probable.