Eso depende de para qué más usas iTunes. Puede desactivar el interruptor de "ordenar automáticamente el contenido de iTunes", que le permitirá distribuir archivos por toda la tienda, pero tenga en cuenta que las descargas nuevas, las transferencias de compra de iPhone, las actualizaciones y todo lo demás pueden no respetar su elección al realizar actualizaciones. y similares, dando como resultado potencialmente múltiples versiones de múltiples aplicaciones en múltiples ubicaciones, y también tener efectos potencialmente adversos en tu otro contenido de iTunes, como música, etc.
No estoy seguro del aspecto de Windows 7 de este próximo bit, pero en Mac podría "etiquetar" sus archivos en categorías y luego hacer un fodler inteligente que busque aplicaciones en la ubicación X (predeterminado) con Label Sí, etc.: creo que Windows debe tener un sistema de etiquetado similar, ciertamente puede manejar las búsquedas guardadas / carpetas inteligentes equivalentes lo suficientemente capaces para aproximarse al mismo comportamiento.