Bueno, tuve un problema similar en mi carpeta de descargas.
Muchas veces recibí el mensaje 'El disco de inicio está casi lleno'.
Finder mostraba 37 gb en esa carpeta, pero al revisar cada subcarpeta individualmente, el tamaño de todos era 10 gb más pequeño.
Por lo tanto, no pude (todavía) averiguar por qué sucede, pero pude averiguar cómo solucionarlo.
La única cuestión es que el problema puede seguir mostrándose.
Entonces, para solucionar este problema, vaya a 'Preferencias del sistema' - > 'Spotlight', luego, 'Privacy'.
Haga clic en el botón '+' y agregue el disco que contiene la 'carpeta de tamaño incorrecto'. Pulsa Aceptar para confirmar.
Reinicia tu mac (cuando me enteré de esto, este paso no se mencionó. Lo hice por mi cuenta, solo para asegurarme).
Después de reiniciar, vuelva al 'Preferencias del sistema' del sistema - > 'Spotlight', luego, 'Privacy'.
Ahora, haga clic en el disco que acaba de agregar y elimínelo (con el botón '-').
Y está hecho el truco.
PS 1: MacBook air 2010, mountain lion 10.8.5, 256gb ssd
PS 2: lo siento, no recuerdo dónde lo aprendí, pero, en el peor de los casos, perderás un poco de tiempo mientras osx reconstruye los índices de archivos para mejorar la búsqueda de Spotlight
PS 3: si te das cuenta de que el foco no está buscando cómo debería ser, es una señal de que se debe ejecutar el procedimiento anterior.
PS 4: Otro consejo que puede ser útil:
Vaya a la Utilidad de Discos, seleccione su disco y presione 'verificar permisos de disco', después de hacer esto, haga clic en 'reparar permisos de disco'