App Store
Puede verificar fácilmente si la actualización a través de la Mac App Store es una opción ingresando a la App Store y comprobando si está disponible para usted.
En general, lo que debería suceder es que la App Store te dará la opción de actualizar al sistema operativo más reciente que se ejecutará en tu Mac Mini. Su pregunta no especifica qué modelo de Mac Mini está ejecutando, pero cualquier Mac Mini desde principios de 2009 en adelante puede ejecutar macOS Sierra, por lo que es probable que tenga la opción de actualizar a eso, lo que no desea.
Usted may podrá seguir usando la App Store yendo a la pestaña Comprado y verá si Yosemite está en la lista (será si lo ha descargado anteriormente). usando el mismo ID de Apple).
Unidad USB
Con respecto a su opción de USB, esto puede funcionar dependiendo de la versión del instalador que tenga o de cómo coloque el instalador en la unidad USB (por ejemplo, ¿se puede iniciar desde el USB)?
Suponiendo que todo se haya hecho correctamente, entonces Yosemite admite las opciones de instalación habituales, incluida la "instalación de actualización".
Recuerde:
El mejor enfoque (como siempre) es hacer una copia de seguridad completa antes de intentar la actualización, independientemente de cómo planee hacerlo.