Saqué mi archivo sms.db de mi iPhone 4S con iOS 5.0.1 (fuera del sistema en vivo usando scp) y pude navegar por la base de datos con el cliente sqlite incluido con OSX Lion. Posiblemente el formato actual sea de alguna manera incompatible con versiones anteriores del cliente. La versión del cliente incluida con Lion es 3.7.7:
$ sqlite3 sms.db
SQLite version 3.7.7 2011-06-25 16:35:41
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> .databases
seq name file
--- --------------- ----------------------------------------------------------
0 main /Users/tyr/sms.db
sqlite> .tables
_SqliteDatabaseProperties message
drafts msg_group
group_member msg_pieces
madrid_attachment settings
madrid_chat templates
sqlite> select * from settings ;
1|version|2.0.0
2|notificationCode|*N#
3|useNotifications|0
4|isDefault|1
5|compatibilityMode|0
6|useKeybCorr|1
7|useKeybCapi|1
8|useConfirmSend|1
9|nameorder|0
10|useShowAlerts|1
11|useStatusIcon|1
12|landscape|0
13|appSerial|0
14|lastMenu|0
sqlite>