Esos están en estas ubicaciones en Mavericks:
~/Library/Containers/com.apple.mail/Data/Library/Preferences
~/Library/Containers/com.apple.Maps/Data/Library/Preferences
Tenga en cuenta el uso de mayúsculas: correo en minúsculas, mapas en mayúsculas.
Para leer y establecer marcos de ventanas:
defaults read com.apple.Maps "NSWindow Frame MapMainWindow"
defaults write com.apple.Maps "NSWindow Frame MapMainWindow" '2056 137 1000 712 1920 0 1440 878'
Sin embargo, parece que algunas aplicaciones (tal vez aquellas con AppNap) no obedecen las nuevas preferencias de inmediato, por lo que es posible que tenga que cerrar sesión y volver a iniciarla. Los mapas en particular no parecen funcionar correctamente, y en Mail, La ventana principal está en una subclave. Podrías, por ejemplo, hacer:
defaults write com.apple.mail "NSWindow Frame Compose Window" '175 36 718 779 0 0 1440 878'
para establecer el marco de la ventana de composición. Todo depende de la clave que estés intentando configurar.