En el comentario, mencionaste que la aplicación de reproducción de música suele ser Spotify.
Las teclas multimedia (Anterior, Reproducir / Pausa, Siguiente representadas por F7, F8 y F9 respectivamente) se asocian con la aplicación que emite audio / video (si la aplicación está programada para admitirla).
Si dos o más aplicaciones emiten audio / video simultáneamente, la pulsación de tecla es capturada por la aplicación incorporada de Apple (en este caso FaceTime).
Esto explica tu observación. En este caso, se recomienda hacer una pausa en Spotify utilizando su comando de menú.