Cómo usar home-brew g ++

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Intento hacer y obtener: 

Makefile:81: "*** WARNING g++ minor version <7 ***"
mkdir -p obj_linux/codebase/spoa/src/
g++ -static-libgcc -static-libstdc++ -D__cplusplus=201103L -I"./src/" -I"/usr/include/" -Icodebase/argparser/src -Icodebase/seqlib/src -Icodebase/samscripts/src -Icodebase/spoa/src -O3 -fdata-sections ->ffunction-ections -c -fmessage-length=0 -ffreestanding -fopenmp -m64 ->std=c++11 -error=return-type -pthread -march=native -o obj_linux/codebase/spoa/src/alignment.o codebase/spoa/src/alignment.cpp
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [obj_linux/codebase/spoa/src/alignment.o] Error 1
lahmersk-iml13:racon lahmersk$ whereis g++
/usr/bin/g++

Tengo una instalación casera de 7.3 en / usr / local / Cellar / gcc

Intenté exportar PATH en .bash_profile con: 

# gcc location
export PATH=/usr/local/Cellar/gcc:$PATH

El directorio de mi bodega tiene: 

lahmersk-iml13:Cellar lahmersk$ ls
aragorn     gdbm        libmpc      parallel    sqlite
barrnap     gmp     llvm        prodigal    tbl2asn
blast       hmmer       lmdb        prokka      xz
cmake       infernal    minced      python3
eigen       isl     mpfr        qt
gcc     libffi      openssl     readline

y gcc es: 

lahmersk-iml13:Cellar lahmersk$ cd gcc
lahmersk-iml13:gcc lahmersk$ ls
7.3.0

Mi perfil de bash actual es: 

# Homebrew location
export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/sbin:$PATH

# Centrifuge location
export PATH=/Users/lahmersk/centrifuge:$PATH

# Spades location
export PATH=/Users/lahmersk/SPAdes-3.11.1-Darwin/bin:$PATH

# Bowtie2 location
export PATH=/Users/lahmersk/bowtie2-2.3.4.1:$PATH

# Pilon location
export PATH=/Users/lahmersk/pilon-1.21:$PATH

# Prokka location
export PATH=/Users/lahmersk/prokka/bin:$PATH

# Barrnap location
export PATH=/Users/lahmersk/barrnap/bin:$PATH

# gcc location
export PATH=/usr/local/Cellar/gcc:$PATH

cuando hago sudo vi / etc / path obtengo: 

/usr/local/bin
/usr/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin

Podría usar algo de ayuda. ¿Qué otra información puedo proporcionar?

    
pregunta K Lahmers 22.02.2018 - 16:20

1 respuesta

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No deberías necesitar agregar Cellar a tu ruta para esto. Pero Homebrew agrega un sufijo de versión a los comandos gcc para evitar conflictos de nombres con el estándar gcc : 

pse@Mithos:~$ ssh verence@localhost brew install gcc
[...]
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/gcc-7.3.0.high_sierra.bottle.1.tar.gz
==> Downloading from https://akamai.bintray.com/d0/d09669e3679bb54448f00cda4bf520e631f7487f132ebfe6e0d2f6ecdcd5f6e0?__gda__=exp=1519315844~hmac=df4f6f9b82a2ac5fb5465be3f9dc91c0c3eea0c254e894113edf5fcc2b640c57&response-content-disposition=attachment%3Bfilename%3D%22gcc-7.3.0.high_sierra.bottle.1.tar.gz%22&response-content-type=application%2Fgzip&requestInfo=U2FsdGVkX1-mCWpMqQTGrxnTfILcUZz-NvVoQyGOGSnI4iWY_Z2bJghjhAR-xgGu9cDwVXgE9DLumAnLcf1a5kZAz724Fowtbckow4p_nVq39TQR8WNf4jMP4z7Sql3NQ2dFr1pLXQ3paB2FUCf1_A&response-X-Checksum-Sha1=d492b86b3ba112920165af9df80dd793df1d8f46&response-X-Checksum-Sha2=d09669e3679bb54448f00cda4bf520e631f7487f132ebfe6e0d2f6ecdcd5f6e0
==> Pouring gcc-7.3.0.high_sierra.bottle.1.tar.gz
respondido por el nohillside 22.02.2018 - 17:03

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