Sí. Al hacer una copia de seguridad de iCloud (no de iTuens), solo conserva las aplicaciones, los datos y la configuración más básica. El teléfono se verá igual después de que se recupere de una copia de seguridad de iCloud.
Hacer lo mismo pero con la copia de seguridad local de iTunes preservará absolutamente todo.
Para volver a instalar ios en el iPhone, puedes conectarlo a Itunes y realizar el procedimiento desde allí o directamente en el teléfono yendo:
Configuración - > General - > Restablecer - > Borrar todo el contenido y la configuración.
Lamentablemente, esto no está documentado en ninguna parte, así que no puedo hacer referencia a él, pero según mi experiencia personal, este es mi conocimiento.