No, no puedes evitar que una aplicación de iPhone se instale en un iPad. Puede evitar que una aplicación de iPad se descargue en un iPhone no desbloqueado. Como se mencionó en los comentarios, una aplicación de iPhone puede ejecutarse en un iPad en "modo compatible".
Su aplicación aún debería verse bien en un iPad a menos que esté configurando restricciones de reproducción automática basadas en tamaños de pantalla específicos de iPhone. Uno de los beneficios de la reproducción automática es que su aplicación debería poder ejecutarse en diferentes tamaños de pantalla, incluidos los iPads.
Debería indicar en la descripción de la App Store que esta aplicación no está diseñada para ejecutarse correctamente en el iPad. Recomendaría pasar el tiempo para que se vea decente en el iPad, ya que la gente seguirá descargándolo en sus iPad, independientemente de lo que indiques en la descripción.