Hay varios problemas con tu problema.
Primero: descargar un archivo a través de un navegador web está sujeto a convenciones de nombres y recomendaciones basadas en las recomendaciones de W3C y RFC de IETF, probablemente RFC3986 . Hay una Recomendación para URI's del W3C que incluye "Caracteres reservados". Como probablemente pueda adivinar por ese punto, el punto, así como el punto doble, son caracteres reservados. En su caso, los navegadores web están cambiando automáticamente el nombre de los archivos con un punto anterior. Probablemente no hay forma de evitar eso.
Segundo: los nombres de archivo en OSX siguen los esquemas de Unix en los que un punto anterior marca un archivo para ocultarlo (vea una explicación interesante para el historial aquí ). El comando de terminal que ingresó solo muestra todos los archivos en el Finder, lo cual es irrelevante en su caso, ya que no puede descargar el archivo con el punto anterior en el nombre de archivo en primer lugar.
Posible solución:
1) Pruebe diferentes navegadores, pero dudo que encuentre uno que no se adhiera a los Convenios de denominación
2) puedes probar la 'Aplicación de sincronización de Google Drive'. Quizás sincronice los archivos en preguntas. Como ya estás mostrando archivos invisibles, deberían aparecer.