WhatsApp está utilizando el nuevo marco de CallKit VOIP que permite que las aplicaciones como WhatsApp y Skype se integren más directamente con iOS. Esto permite, por ejemplo, que las llamadas entrantes aparezcan en la pantalla de bloqueo como lo hacen las llamadas de teléfono celular. Como ya descubrió, también se puede integrar con el historial de llamadas de la aplicación nativa del teléfono ("recientes"), contactos, etc.
No hay una configuración para deshabilitar esto, ya que es un cambio fundamental en la forma en que iOS maneja las aplicaciones de VOIP.