Bien, he hecho esta pregunta dos veces en stackoverflow dos veces, here y aquí .
No he recibido una respuesta, pero después de repensar el problema, creo que puede ser debido a los permisos de archivos / carpetas, ok, esto es lo que está pasando.
Entorno: eclipse STS 3.8.2 que se ejecuta en java 1.8 y el SO es macOs Sierra.
cuando abro el IDE por primera vez, crea una carpeta en mi usuario doméstico llamada .eclipse y dentro de una carpeta con el nombre org.springsource.sts_3.8.2.RELEASE_562342862_macosx_cocoa_x86_64 . El IDE usa esta carpeta para guardar la configuración, los complementos y así sucesivamente, bueno, luego, cuando cierro el IDE y lo abro nuevamente, el IDE crea una nueva carpeta como la primera, pero cambia el nombre de esta manera org.springsource .sts_3.8.2.RELEASE_562342586_macosx_cocoa_x86_64 y guarda la configuración allí, por lo que toda la configuración anterior se pierde.
Esto lleva a tener un entorno fresco cada vez que abro el IDE, por lo que cada complemento instalado se pierde. He intentado copiar y pegar el contenido de una carpeta a otra, pero el IDE ignora los archivos allí.