Si se tratara de aplicaciones de terceros, diría que necesitas reinstalarlas pero no lo son, así que es un poco ... más extraño ...
Es posible que la restauración de Time Machine restablezca los archivos que se crearon con una versión posterior de la aplicación que la versión anterior entiende. Comenzaría por eliminar los archivos de preferencias para esas aplicaciones en ~ / Biblioteca / Preferencias. Busque los archivos que comienzan con "com.apple" y terminan con el nombre de la aplicación. También puede consultar / Biblioteca / Preferencias. Elimine el (los) archivo (s) de preferencia y vuelva a intentar la aplicación.
Las aplicaciones como Calendario tienen un archivo que se abren automáticamente. es posible que solo tenga que eliminar el "documento" del calendario principal que (creo ) tiene su propia carpeta en la que residen: ~ / Library.
Finalmente borre las carpetas de caché Borre el contenido de / Library / Caches y ~ / Library / Caches y reinicie.
Al menos esa es mi mejor suposición.