Bueno, un poco más de investigación y es posible que haya encontrado una solución.
* Proceda con precaución. Archivos de respaldo. Se inteligente. Esto funcionó para mí YMMV. *
La solución fácil
La forma más directa de solucionar este problema parece ser eliminar la base de datos SQLite que almacena los datos de Launchpad. Para hacer esto, simplemente abra la siguiente carpeta,
~/Library/Application\ Support/Dock
y elimina todos los archivos .db que encuentres allí. Tendrán un nombre de archivo que se verá así,
58357ED0-F8D5-4EB3-9A1F-E6B71B0A001D.db
Luego abra el terminal y escriba este comando seguido de retorno:
killall Dock
Pero tenga cuidado, perderá cualquier grupo de iconos que haya creado en Launchpad. No me gustó esta solución por esa razón, así que mientras esto funcionaba para deshacerme de los íconos duplicados, usé la siguiente solución en mi máquina.
La solución difícil
Abrí la carpeta mencionada anteriormente y localicé el archivo mencionado anteriormente y luego abrí ese archivo en SQLite Database Browser arrastrando el archivo al ícono del db browser.
Una vez que tuve el archivo abierto, hice clic en Examinar datos y luego seleccioné Aplicaciones en el menú Tabla.
LuegomedesplacéporlalistadeaplicacioneshastaqueencontréunodelosregistrosduplicadosdeSkypeyloseleccioné.
Con el registro duplicado seleccionado, hice clic en Eliminar registro.
Luego salí de SQLite Database Browser y reconocí que quería guardar mis cambios.
Luego cambié a terminal y escribí este comando seguido de retorno:
killall Dock
Y el doppelganger de Skype fue así eliminado de mi Launchpad.