Como pregunta de seguimiento para esta publicación :
¿Cómo instalo certificados globales en un Rootless El Capitan para mono?
Mono usa la ruta /usr/share/.mono/certs , que ya no está permitida (ver publicación referida).
¿Alguien sabe dónde podría almacenar esos certificados que no sean ~/.config/.mono/certs ?
No es un problema para nosotros instalar los certificados en la carpeta de configuración, pero es una molestia menor, porque todos los usuarios nuevos en esos dispositivos tendrán que ejecutar el instalador, en lugar de solo el primer usuario.