¿Puedo revertir el sistema a Yosemite usando el respaldo de TimeMachine, después de actualizar el sistema a El Capitán?

Sí, puedes volver fácilmente a una versión anterior de os x si has guardado correctamente esa versión usando time machine.

Tendrás que:

• conecta la máquina del tiempo a tu mac
• Reinicia tu mac y mantén presionado Comando + R
• Después de que se inicie Mac, vaya a Utilidades OS X y seleccione Restaurar desde una copia de seguridad de Time Machine luego presione siguiente o continúe
• Aparecerá una pantalla con Seleccionar una fuente de respaldo y seleccionar la máquina de tiempo
• Tendrá a continuación una pantalla con Versión de OS X y Fecha y hora de copia de seguridad . Si desea volver a Yosemite, seleccione 10.10.X (Mavericks es 10.9. X)

Puede volver a instalar Yosemite y restaurar desde la copia de seguridad, pero lo más probable es que estas aplicaciones tengan actualizaciones disponibles en el próximo mes o en algún momento, a menos que sean editores que no sean los mismos. Dependiendo de la aplicación, hay algunas soluciones. ¿Qué aplicaciones estás intentando ejecutar?

RESPUESTA CORTA: SI. Solo reinstala y restaura.