Tengo este problema extraño, a menudo uso la pestaña cmd + para cambiar entre las aplicaciones abiertas. Después de actualizar mi sistema operativo a El Capitán, comenzó a comportarse extraño. A veces no cambia a la última ventana enfocada, pero cambia a la última aplicación visible en esa barra que se muestra después de presionar este acceso directo. Realmente me asusta.
Para explicar mejor este problema, grabé un video cmd + tab , cuando ocurre este error, lo detengo. por un tiempo y apunte mi cursor en el elemento de la aplicación en esa barra.
Tengo que mencionar que todo este tiempo solo uso la pestaña cmd +, sin presionar la tecla de desplazamiento.