No existe una "mejor" forma generalmente aceptada para que las aplicaciones de la tienda de aplicaciones de Mac no entregadas por Apple no se entreguen. Hay muchas maneras, algunas usan herramientas de Linux, otras reinventan ciertas ruedas, otras están ejecutando scripts rsync / curl en una vena similar a la forma en que Homebrew se basa en un script de núcleo y en paquetes de ruby.
En cuanto a las aplicaciones que se actualizan automáticamente (o al menos notifican a los usuarios finales cuando una actualización podría estar disponible), algunos usan un marco como chispa para buscar actualizaciones o programar su propio mecanismo de verificación de actualizaciones. Microsoft Office, Chrome, Firefox y muchas otras aplicaciones no necesitan ningún otro mecanismo de actualización que no sea optar por el mecanismo de actualización automática.
Los cascos de Homebrew probablemente se actualicen, al igual que la experiencia central de homebrew para las herramientas de línea de comandos, así que comenzaré con eso y luego le haré una pregunta a continuación si tiene una aplicación específica en mente que no se está actualizando a sus deseos.
Si administras Macs profesionalmente, hay muchos marcos para crear imágenes, actualizar e incluso ejecutar tu propia "tienda de aplicaciones" para empaquetar versiones específicas de aplicaciones y el proceso de Apple de paso lateral.